اهداف بنیاد عبارتند از:

الف-کلیات:

هدف از تشکیل بنیاد، بهره گیری از توانمندیهای مادی و معنوی خیّرین و تشویق و ترغیب نیکوکاران و نیک اندیشان در تقویت و گسترش زیر ساختهای دانشگاه می باشد

ب-روش اجرای هدف:

• اشاعه و گسترش فرهنگ اسلامی وقف و باقیّات و صالحات در جامعه و بهره گیری در جهت رشد کمی و کیفی دانشگاه.
• ارائه مشاوره و بستر سازی جهت تسهیل در امر سرمایه گذاری بهینه خیّرین آموزش عالی.
• شناسایی ، تقدیر و حمایت همه جانبه از خیّرین و واقفین دانشگاه.
• نظارت بر حسن انجام نظرات و اهداف شرعیه خیّرین و واقفین در طول حیات ایشان و بعد از آن.
• ایجاد زمینه ها و بسترهای مناسب (اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی) جهت تقویت و استمرار حمایتهای خّیرین و واقفین از دانشگاه.
• برنامه ریزی و سازماندهی برای جذب کمکهای مردمی و دولتی در جهت ساخت و افزایش فضاهای مورد نیاز دانشگاه باهمکاری و هماهنگی بنیاد خیّرین حامی آموزش عالی.
• نظارت بر حسن انجام تعهدات دانشگاه در قبال خیّرین، واقفین و تبرعات و موقوفات ایشان با همکاری بنیاد خیّرین حامی آموزش عالی و کمیته خیّرین وزارت علوم.
• نظارت به منظور حسن احداث پروژه های خیّر ساز دانشگاه.
• نظارت و پیگیری تخصیص سهم پنجاه درصدی وزارت علوم از پروژه هایی که پنجاه درصد از کل اعتبارات آنرا خیّر یا خیّرین پرداخت کرده باشند و به پنجاه درصد پیشرفت فیزیکی رسیده باشند، با هماهنگی بنیاد خیّرین حامی آموزش عالی و همکاری کمیته خیّرین وزارت علوم.
• حمایت از دانشجویان بی بضاعت دانشگاه از طریق راه اندازی صندوق قرض الحسنه دانشجویی و صندوق نیکوکاری.
• حمایت و پشتیبانی از اقدامات فرهنگی و اسلامی در دانشگاه.
• پشتیبانی و حمایت از سنت پسندیده  ازدواجهای دانشجویی در دانشگاه.
• حمایت از طرحهای پژوهشی و تحقیقاتی دانشجویان و اساتید دانشگاه
• حمایت مادی و معنوی از پژوهشگران و نخبگان دانشگاه.
• حضور و مشارکت در خرید و تامین تجهیزات و خدمات مورد نیاز دانشگاه.
• ایفای نقش فعال برای ارتباط دانشگاه با  صنعت، تجارت و به منظور ترویج کارآفرینی و فضای کسب و کار.
• حمایت از کارآفرینان جوان دانشجو و شرکت های دانش بنیان نوپای دانشگاه.
• حضور، مشارکت و سرمایه گذاری در اجرای ایده ها و طرح های کاربردی و کارآفرینانه جهت تجاری سازی و تکمیل چرخه ایده تا محصول.
• تصدّی و اجرای کلیه برنامه ها و وظایف و اختیاراتی که با اهداف «بنیاد» مطابقت داشته و دانشگاه در راستای کاهش تصدّی گری مراتب را برون سپاری نموده و یا خواهد نمود.